Yugi Mutou, un estudiante tranquilo, completa el antiguo Rompecabezas del Milenio y despierta a un Faraón sin nombre que comparte su cuerpo. Maximillion Pegasus, creador de Duelo de Monstruos, usa el Ojo del Milenio para robar el alma del abuelo de Yugi. Para recuperarla, el chico y el Faraón entran al torneo del Reino de los Duelistas junto a sus amigos Jounouchi, Anzu y Honda. La victoria los lleva al torneo de Ciudad Batallas, organizado por el rival Seto Kaiba, donde tres Cartas de Dios Egipcias guardan la clave del pasado olvidado del Faraón.