Ciudad Academia es una metrópoli de espers clasificados según el poder que logran volver real, y Touma Kamijou vive allí como el estudiante más desafortunado de todos. En su mano derecha late el Imagine Breaker, capaz de anular cualquier fuerza sobrenatural, esper o mágica, y de cancelar también su propia buena suerte. Todo cambia cuando una monja llamada Index cae en su balcón con la mente cargada de 103.000 grimorios que la Iglesia de Inglaterra retiró de circulación: Touma queda atrapado entre la ciencia de la ciudad y la magia oculta del mundo.