A mão direita de Touma Kamijou carrega o Imagine Breaker, que anula qualquer força sobrenatural, esper ou mágica, e parece anular junto a própria sorte dele. Ele estuda na Cidade Acadêmica, metrópole onde os alunos são classificados pelo poder que conseguem tornar real. Index, uma freira com 103.000 grimórios proibidos gravados na memória pela Igreja da Inglaterra, cai na varanda dele certa noite e arrasta Touma para o embate entre a ciência da cidade e a magia escondida do mundo.